Το pack έχει σημασία, το καθένα τρέχει με διαφορετικό java version/connection pool. Πρέπει να ξέρεις και για τα 2 τι να κατεβάσεις. Όσο για τα linux, το καθένα έχει τα δικά του commands για download, suspend, file execution, navigation κλπ, με λίγο google search θα βρεις τα απαιραίτητα. Για να κάνεις file transfer θα σου πρότεινα μέσω ftp (το filezilla είναι πανεύκολο να χρησιμοποιήσεις) και για κάνεις login μέσω ssh υπάρχει το putty σαν free software.