Όχι δεν θα τα κάνεις όλα πάλι από την αρχή απλώς αφού περάσεις το java code θα κάνεις build μετά θα πάρεις το αρχείο l2jserver που θα σου βγει μετά το build και θα το βάλεις στα libs και θα το αντικαταστήσεις με το παλιό. Πρόσεξε εάν το java code περιέχει και config file πρέπει να αντικαταστήσεις και το ανάλογο config.